Siglo XII. Esta es la única parte del edificio que sobrevive desde la fundación del siglo XII. De origen románico, es lo más antiguo que se conserva del monasterio. Los cambios y modificaciones que se fueron introduciendo la convierten en un claro ejemplo de gótico de transición, que combina técnicas románicas y estética gótica: bóveda de cañón ligeramente apuntada con arcos góticos aplicados, apoyada sobre ménsulas románicas, dos ventanitas de cabeza redonda. Los tres sarcófagos del siglo XIV, probablemente descontextualizados, pertenecen a miembros de la familia de los Condes de Bahamonde, aunque aparentemente había un total de 12 dentro de la iglesia según el inventario previo a la desamortización.
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